C'est bon j'ai réglé le problème, en fait c'est simplement le module joydev qui n'est plus lancé au démarrage.
Donc un
modeprobe joydev
me permet bien de retrouver /dev/input/js0.
Je ne sais pas pourquoi ce module n'est pas chargé au démarrage, il me semblait pourtant que c'était le cas sous FC4.
Est-ce que ça peut provenir d'un profil d'installation particulier ?