Wine Is Not an Emulator.
Wine est une implémentation de l'API win32, tu peux même écrire/recompiler des programmes natifs sous GNU/linux avec WineLib.
http://www.winehq.com/site/winelib
Ta carte est connecté via un port parrallèle, donc si tu connais le "protocole" de communication entre le soft et la carte, je te conseille de réécrire ton soft en python ou du moins la partie communication.
http://pyserial.sourceforge.net/pyparallel.html
.Net/Mono ou Java proposent surement des APIs pour accèder au port // , l'avantage étant la portabilité de ton code.