Ce sont les ID qui sont enregistrés sur le disque. Donc en modifiant l'ID de ton utilisateur tu as perdu la propriété de ton home. D'où ton problème à la connexion.
Imaginons que "olivier" appartienne au groupe "gentil".
1/ Tu te connecte root
2/ tu change le GID de "gentil"
groupmod -g 123 gentil
3/ tu change les UID/GID d'olivier
usermod -g 123 -u 1234 olivier
4/ tu rends ses affaires à olivier :
chmod -R olivier:gentil ~olivier
Et tout devrait rouler...
A+