Ca fait plaisir de savoir que ça fonctionne.
Pour règler la question de désactivation des interfaces pour accès au Net, modifie l'ordre iptables de masquerading :
iptables -t nat -A POSTROUTING -o eth0 -s 192.168.0.0/24 -j MASQUERADE
devrait être
iptables -t nat -A POSTROUTING -o eth0 -s 192.168.1.0/24 -j MASQUERADE
pour être en accord avec le plan d'adresssage que tu viens de mettre en place.
Si tu utilises Firestarter, iptables est forcément désactivé (Firestarter fait en graphique ce que iptables fait en ligne de commande : ils sont "concurrents" pour la mise en oeuvre des fonctionnalités de NetFilter).
Tu noteras aussi que le firewall de Firestarter se rajoute à celui de la FreeBox en mode routeur : l'ouverture d'un port pour Azureus par exemple doit sûrement se faire en double, FreeBox + Firestarter.