Ayant galéré pour résoudre mon problème, et n'ayant pas trouvé d'éléments dans les forums je décris ci-après mon problème et la solution que j'y ai apporté:

Le problème: Depuis le passage sous KDE3.5 je ne pouvais plus modifier les permissions de mes fichiers par les boites de dialogue de KDE(avec n'importe quel logiciel, que ce soit konqueror, krusader, etc...):
- si je modifiais 1 élément fichier ou dossier j'obtenais une erreur...mais la modif était prise en compte,
- si je modifiais en récursif même erreur: seul le premier élément était effectivement modifié, les autres restaient inchangés.
- bien entendu les commandes bash (chmod, chown...) ne posaient quant à elles aucun problèmes
- Aucun problème de ce type sous Gnome

Résolution: Il a fallu que je déclare l'option acl dans mon /etc/fstab pour toutes les partitions qui la supportait (chez moi en ext3).
Depuis plus de problèmes. De plus j'ai maintenant accés aux ACL dans la boîte de dialogue "propriétés" de konqueror, ce qui s'avère pratique pour régler finement les permissions.