Salut,
avec ghostscript :
$ ghostscript -q -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sPAPERSIZE=a4 -sOutputFile=resultat.pdf fichier1.pdf fichier2.pdf ...
Sinon il doit y avoir des interfaces à ghostscript (je crois que GSView offre une fonction de fusion).
EDIT : pour l'option -sPAPERSIZE=a4, évidemment, on peut définir son format...