Ce que tu as fait ne me parait pas très propre, je te propose ceci:
1- Restaurer la ligne que tu as supprimé au post 3 ou régérer complètement /usr/share/applications/mimeinfo.cache avec
# update-desktop-database /usr/share/applications
2- Exécuter: $ xdg-mime query default inode/directory
Elle va te renvoyer: easytag.desktop et nemo.desktop
3- Exécuter: $xdg-mime default nemo.desktop inode/directory
Cette commande ajoutera une sections dans ~/.local/share/applications/mimeapps.list de ce type:
[Default Applications]
inode/directory=nemo.desktop
4- Pour vérifier, exécuter de nouveau: $ xdg-mime query default inode/directory
tu n'auras plus que nemo.desktop