J'ai eu le même problème avec F16 bêta quand j'ai voulu installer le driver nvidia 290.06 avec le .run.
Même en démarrant en init 3, le .run échouai car nouveau était présent.
Pour contourner le problème j'ai fait ceci :
-créer le fichier blacklist-nouveau.conf dans /etc/modprobe.d contenant :
# RPM Fusion blacklist for nouveau driver - you need to run as root:
# dracut -f /boot/initramfs-$(uname -r).img $(uname -r)
# if nouveau is loaded despite this file.
blacklist nouveau
(j'ai copié ce fichier à partir de ma F 15)
-ensuite j'ai ajouté
nouveau.modeset=0 rdblacklist=nouveau
à la fin du la ligne du kernel dans grub.conf
Après avoir redémarré en init 3, le .run de nvidia a fonctionné sans soucis.
Mais je suis entièrement d'accord avec MarbolanGos, cette méthode est à proscrire, je ne l'ai faite que pour tester le driver 290.06, et uniquement sur ma Fedora de test F16 bêta (j'étais conscient que cela aurai pu casser Fedora...)