Est-ce normal que les options de compilation ont changé entre ffmpeg.x86_64 0:0.5-3.fc11 et ffmpeg.x86_64 0:0.5-2.fc11 ?
pour :
ffmpeg.x86_64 0:0.5-2.fc11 : 
configuration: --prefix=/usr --bindir=/usr/bin --datadir=/usr/share/ffmpeg --incdir=/usr/include/ffmpeg --libdir=/usr/lib64 --mandir=/usr/share/man --arch=x86_64 --extra-cflags=-O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -I/usr/include/openjpeg --extra-version=rpmfusion --enable-bzlib --enable-libdc1394 --enable-libfaac --enable-libfaad --enable-libgsm --enable-libmp3lame --enable-libopenjpeg --enable-libschroedinger --enable-libspeex --enable-libtheora --enable-libvorbis --enable-libx264 --enable-libxvid --enable-x11grab --enable-avfilter --enable-avfilter-lavf --enable-postproc --enable-swscale --enable-pthreads --disable-static --enable-shared --enable-gpl --disable-debug --disable-stripping --shlibdir=/usr/lib64
et pour
ffmpeg.x86_64 0:0.5-3.fc11 : 
configuration: --prefix=/usr --bindir=/usr/bin --datadir=/usr/share/ffmpeg --incdir=/usr/include/ffmpeg --libdir=/usr/lib64 --mandir=/usr/share/man --arch=x86_64 --extra-cflags=-O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic --extra-version=rpmfusion --enable-bzlib --enable-libdc1394 --enable-libdirac --enable-libfaad --enable-libgsm --enable-libmp3lame --enable-libopenjpeg --enable-libschroedinger --enable-libspeex --enable-libtheora --enable-libvorbis --enable-libx264 --enable-libxvid --enable-vdpau --enable-x11grab --enable-avfilter --enable-avfilter-lavf --enable-postproc --enable-swscale --enable-pthreads --disable-static --enable-shared --enable-gpl --disable-debug --disable-stripping --shlibdir=/usr/lib64
disparue l'option 
--enable-libfaac
????????? plus d'encodage aac et plus précisement la commande de base ffmpeg -i $video.flv $video.mp4 retourne une erreur... :-/

EDIT :
l'erreur pour le aac : 
Unsupported codec for output stream #0.1