Sinon pour rendre un fichier caché en mettant un point devant chez mois sa ne change rien ...
Si ton dossier est sur le bureau c'est normal.
Pour le cryptage une simple recherche sur gpg te donneras tout ce dont tu as besoin via google.
Sinon comme dit proxy, rien ne t'empêche de créer un compte spécifique, de changer le umask, puis d'ouvrir ledit dossier via le terminal en mettant ton log du genre :
su moncomptecache nautilus /home/comptenormal/dir_caché_by_umask.