Les plus gros problème de sécurité ne viendront probablement pas de outils (php, mysql), mais de l'utilisation que tu en feras, et en particulier des applilcations que tu installeras....
Quelques conseils :
- tu maintiens ta distribution à jour (yum update)
- tu actives le parefeu (firewall) et tu n'ouvres que les ports nécessaires
- tu met à jour tes applications
- si tu développe toi-même tu lis
http://fr2.php.net/manual/fr/security.php
A+