GnuPG est la référence sous Linux (
http://www.gnupg.org/). Il permet le cryptage sous diverses clés, la signature et le décodage afférent.
Des interfaces graphiques existent parmi lesquelles: GPA, KGpg,Seahorse.
Je ne connais pas de logiciel permettant d'effacer complètement un fichier.
Sous Windows, la gestion de fichiers ne conduit pas à un effacement réel des données distribuées sur le disque mais simplement, à un effacement des références dans la table d'allocation; on peut dès lors recomposer le fichier. Sous Linux, les systèmes de gestion de fichiers sont variés (ext3, ReiserFS ...) et l'effacement ne consiste pas, comme pour Windows, en un effacement physique des clusters.
On notera que des projets de cryptage des données sur disque sont en cours et certaines dispositions sont envisagées pour la FC5.