Je pense que la documentation
http://doc.fedora-fr.org/wiki/Au_secours_je_suis_perdu%E2%80%A6 est importante à lire (on a du déjà te la passer).
J'ai beaucoup de mal à comprendre ce que tu écris. Surement les abréviations à double sens. Exemple log pour logiciel? alors que log ici sous linux c'est les journaux de messages (erreurs ou pas), voire c'est en rapport pour se connecter (login)...
Du coup pour ton point 1), j'ai rien compris.
Pour le point 2), je pense que t'as des problèmes plus important que le repertoire public. Qui par défaut ne sert à rien. Mais sinon l'objectif de ce repertoire c'est de permettre de partager les fichiers que tu y rangerais avec les autres utilisateurs de ta machine.
Pour le point 3), je suppose que tu viens du monde windows vu que tu parles d'exe, je connais pas trop cet environnement mais c'est sûr que la philosophie est différente. Sous Linux tout est simplifié pour la gestion des logiciels grâce au gestionnaire de paquets.
La règle pour les logiciels ici sous Linux et c'est valable pour
toutes les distributions, c'est de passer par ce gestionnaire de paquets. C'est la grosse force de Linux, on est pas obligé d'aller chercher sur les différents sites les logiciels dont on a besoin. Et encore mieux, ils se mettent à jour via ce gestionnaire de paquets. Gros gain de temps, et de sécurité!!! Ne jamais faire confiance à un logiciel telechargé sur un site tiers.
Sous Fedora, Le gestionnaire de paquets, c'est yum. Il est accessible en ligne de commande mais tu as l'équivalent en interface graphique: "Logiciels" (je connais moins).
Donc pour installer thunderbird: yum install thunderbird (ou via l'application Logiciels). Surtout ne pas utiliser un tar.gz même récupéré sur le site de la fondation Mozilla, ce n'est pas la peine, et ça sera galère à installer et mettre à jour...
Pour Opera comme c'est un logiciel "privateur" je crois pas qu'il soit dispo via yum.
De plus, le fichier .deb que tu cites, est fait pour debian. Sous Fedora (et/ou yum), il faut un .rpm. Donc si Opera ne fournit pas de rpm, oublie ce logiciel.
Il faut aussi fuir les équivalent au .exe et autres setup car c'est le meilleur moyen de tout casser. Encore une fois toujours passer par => gestionnaire de paquets.