Parce que tout simplement le gui de mplayer ne propose pas la conversion. Pour cela il faut prendre un gui ou interface graphique comme AcidRip (pour les dvd ou Konverter sous kde).
Je te renvoie à leur doc
http://www.mplayerhq.hu/DOCS/HTML/en/index.html
L'autre solution est d'utiliser directement le codec FFmpeg.
Maintenant pour convertir un .flv de base avec mplayer il suffit de taper :
mencoder monfichier.flv -ofps 15 -vf scale=300:-2 -oac lavc -ovc lavc -lavcopts vcodec=msmpeg4v2:acodec=mp3:abitrate=64 -o monfichier.avi
Désolé je ne vais te décrire toutes les options sur le son ou la qualité de l'image. C'est un rapide copier-coller du net.
Avec ffmpeg :
ffmpeg -i mavideo.flv mavideo.avi
ou
ffmpeg -i mavideo.flv-ab 56 -ar 22050 -b 500 -s 320×240 mavideo.mpg
Si on veut rajouter les options comme b = bitrate, ar = sample rate, s = a taille (size).